Terminado o período de actividades teórico-práticas, o conselho pedagógico do CEJ procede à classificação dos auditores de justiça, na escala de 0 a 20 valores, baseando-se na avaliação contínua do aproveitamento dos auditores. Os auditores de justiça com notação inferior a 10 são excluídos, considerando-se os demais habilitados à fase de estágio, sendo graduados segundo a respectiva classificação. A seguir à graduação, os auditores de justiça devem apresentar declaração de opção pela magistratura judicial ou pela magistratura do Ministério Público (havendo desproporção entre as vagas disponíveis para cada magistratura e as respectivas opções, têm preferência os auditores com melhor graduação). Os auditores de justiça graduados são nomeados juízes de direito ou procuradores-adjuntos em regime de estágio, respectivamente, pelo Conselho Superior da Magistratura ou pelo Conselho Superior do Ministério Público.

A fase de estágio tem início no dia 15 de Setembro subsequente à conclusão da fase teórico-prática e, em princípio, termina em 15 de Julho seguinte. Os magistrados em regime de estágio exercem, com a assistência de formadores, mas sob responsabilidade própria, as funções inerentes à respectiva magistratura, com os respectivos direitos, deveres e incompatibilidades. São objectivos da fase de estágio:

·         O aprofundamento dos conhecimentos adquiridos na fase anterior;

·         O adestramento dos magistrados na prática judiciária, em razão da qualidade e da eficiência normalmente exigidas para o exercício de funções em início de carreira;

·         O apuramento do sentido de responsabilidade e da capacidade de ponderação e de decisão dos magistrados.

Terminada a fase de estágio, os magistrados são colocados em regime de efectividade. Na falta de vagas, e até à sua ocorrência, são colocados como auxiliares.